Наш лицей носит название "Вторая школа", потому что он вырос из знаменитой московской физико-математической школы №2, которая открылась в 1956 году на улице Фотиевой как общеобразовательная школа. Вот что пишет об этом времени директор школы и её основатель В.Ф.Овчинников:

"Школа открылась в 1956 году на окраине Москвы. Последние дома заканчивались у Калужской заставы, а дальше шли пустыри и огороды. Следующий от Калужской заставы дом (для преподавателей МГУ) стоял на Ломоносовском проспекте.

2-я школа была построена первой в районе, а рядом возводился жилой дом. Занятия начались, когда школа еще достраивалась, поэтому старшеклассники в резиновых сапогах перетаскивали первоклашек через грязь, иначе дети не могли добраться до школы.

Мы начинали работать буквально впятером. В 1957 году мы набрали маленькие классы. Но район быстро заселялся, и на третий год в школе училось 880 человек, т.е. в классах было по 45 детей, что соответствовало нормам.

Школа ничем не отличалась от других московских школ. Но было несколько учителей-энтузиастов, которые составили костяк будущей 2-й школы. Этот костяк «обрастал» другими учителями, и постепенно складывался очень интересный коллектив."

1959 год	2000 год

По инициативе Н.С.Хрущёва в стране вводилось производственное обучение, а поблизости от школы не было никаких промышленных предприятий. В.Ф. Овчинников обратился в Институт точной механики и вычислительной техники, директором которого был академик Лебедев (теперь это институт им. Лебедева). Вот как это описывает И.С. Збарский (один из тех, кто стоял у истоков школы):
"Он (Лебедев) выслушал Владимира Федоровича и сказал: «А что, я вас возьму, мне нужно паять платы. Ну, вы напортите какую-то часть, но вы же у меня будете не в плане и, глядишь, для меня что-то сделаете. Я вам устрою цех с музыкой и цветами». И устроил на 2-м этаже школы.

Владимир Федорович первый в Москве дал объявление о наборе по специальности «радиомонтажник». Это, знаете ли, среди всех швей и автослесарей — звучало. И к нам хлынул поток учащихся. Поток сильных учащихся.

А потом, через год, Лебедев сказал: «Знаете, мне еще и программисты нужны. Давайте откроем еще классы по физике и математике».

И пошел второй поток. А когда второй поток пошел, то оказалось, что старые учителя, часть из них, с этими учениками работать не могут. И начался второй отбор, — отбор учителей. Приходили уже такие учителя, которые с этой ученической элитой могли совладать. Так в школе собрались элитные преподаватели.

А когда 2-я школа уже начала греметь по Москве, уже слышалось, что после пушкинского лицея другой такой школы не было, начался третий поток — поток академиков и членов-корреспондентов, которые приходили к Владимиру Федоровичу и просили принять их детей."

Таким образом, в школе образовалось уникальное сообщество неординарных учителей и учеников со свободным взглядом на мир, на окружающую социалистическую действительность (более подробно это время описано в сборнике воспоминаний "Записки о Второй школе").

Но в те времена всякое самостоятельное суждение, да ещё в общеобразовательном учреждении, считалось посягательством на основы государственного устройства. В связи с этим в 1971 году из школы с соответствующими взысканиями были уволены  директор В.Ф.Овчинников и все его заместители. Вслед за ними ушли и многие ведущие учителя. Но не все! Вторая школа продолжила своё существование. Все произошедшее описано в "Хронике текущих событий", 1972 г.

За последовавшие тридцать лет в школе №2 сменились восемь директоров, но, тем не менее, ее авторитет и репутация по-прежнему привлекали сильных учащихся и педагогов. Уровень преподавания физики и математики столь высок, что выпускники лицея, как и ранее школы №2, побеждают на олимпиадах, включая международные, и без труда поступают в такие вузы, как МГУ, Физтех, МИФИ, а среди выпускников прошлых лет есть уже не только профессора этих вузов, но и действительные члены и чл.-корр. РАН. Так, выпускниками "Второй" является академики А.Р. Хохлов, С.А.Недоспасов, чл.-корреспонденты В.В.Лебедев,  А.А.Разборов, обладатели научных мега-грантов Д.Иванов и И.Абрикосов.

В 2001 году Лицей "Вторая школа" вновь возглавил её первый директор - Владимир Фёдорович Овчинников.  3 года спустя в "Учительской газете" была опубликована статья "Система Овчинникова", описывающая события того времени.

4 октября 2013 года в рамках неофициальной части празднования 85-летия Владимира Федоровича  состоялась конференция "История Второй школы и Вторая школа в истории".

В 2012 г. в печать вышла повесть выпускника "Второй школы" Е.Бунимовича "Девятый класс. Вторая школа. Объяснение в любви в 23-х частях".

В 2014 г. по заказу телеканала "Культура" был снят фильм "Вторая и единственная". Его премьера состоялась в Гоголь-центре и во "Второй школе". На канале "Культура" фильм показали летом 2015.
Газета "Троицкий вариант" предложила выпускникам 60-70-х годов принять участие в обсуждении фильма.
Документальный фильм «Вторая и единственная» Анна Монгайт обсудила с его создателями и выпускниками «Второй школы»: автором сценария Андреем Лошаком, продюсером фильма Анатолием Голубовским, членом Совета директоров «Альфа-Банка» Петром Авеном, председателем Правления «Альфа-Банк» Андреем Соколовым и уполномоченным по правам ребёнка в Москве, поэтом, публицистом Евгением Бунимовичем.

В сентябре 2015 г. в рамках цикла бесед с народными учителями столицы состоялась встреча  шеф-редактора «Учительской газеты – Москва» В.Н. Молодцовой с В.Ф.Овчинниковым.

В рамках цикла программ «Интервью. Открытый диалог» Городской методический центр представляет беседу с директором лицея «Вторая школа», народным учителем РФ Владимиром Фёдоровичем Овчинниковым. 2016 г. Владимир Фёдорович отвечает на вопросы и рассказывает историю школы и не только.

Сегодняшняя жизнь "Второй школы" представлена на сайте.